Κεντρική έννοια του Προγράμματος PISA είναι ο εγγραμματισμός (literacy) των μαθητών στην Κατανόηση Κειμένου, τα Μαθηματικά και τις Φυσικές Επιστήμες.
Ως "εγγραμματισμός" <εγγράμματος + -ισμός, συνών. "εγγραμματοσύνη"> ορίζεται πρωτίστως η ικανότητα ανάγνωσης και γραφής, κυρίως όμως ο επαρκής χειρισμός και η δυναμική αξιοποίηση των αποκτημένων ήδη γνώσεων σε ζητήματα ανάγνωσης και γραφής, προκειμένου να είναι σε θέση κανείς να εφαρμόζει πρακτικά τις γνώσεις αυτές στην καθημερινή του ζωή. Περικλείει, συνεπώς, και την κριτική εγγραμματοσύνη -την ικανότητα, δηλαδή, αφενός της κριτικής στάσης απέναντι σε ποικίλα είδη λόγου και αφετέρου τον ίδιο τον έλεγχο του περιβάλλοντος δια του γραπτού λόγου. Ως "εγγραμματισμό", με άλλα λόγια, ορίζουμε τη δυνατότητα κάποιου να αναγνωρίζει τα σύμβολα του γραπτού λόγου, αλλά, συνάμα, και την ικανότητά του να χρησιμοποιεί με σωστή σειρά τα πεζά και τα κεφαλαία γράμματα, να αντιλαμβάνεται τον τρόπο με τον οποίο εμφανίζονται οι υποσημειώσεις και οι παραπομπές σε ένα κείμενο, τη διαφορά μεταξύ ενός κειμένου επιχειρημάτων και ενός διαφημιστικού φυλλαδίου, το ρόλο των εικόνων σε ένα κείμενο, αλλά και την "ανάγνωση" πινάκων, γραφημάτων και άλλου υποστηρικτικού υλικού που, ενδεχομένως, εντάσσονται σε ένα κειμενικό περιβάλλον.
Ο εγγραμματισμός των μαθητών που βρίσκονται στο τέλος της Υποχρεωτικής τους Εκπαίδευσης αποτελεί κύρια αναζήτηση του Προγράμματος PISA, υπό την έννοια ότι το Πρόγραμμα αυτό αποτιμά τις γνώσεις και τις δεξιότητες που οι εν λόγω μαθητές απέκτησαν στα τρία βασικά αντικείμενα των σχολικών τους σπουδών -Κατανόηση Κειμένου, Μαθηματικά και Φυσικές Επιστήμες. Σε ένα δεύτερο επίπεδο, συνυπολογίζει την ικανότητα των μαθητών να συλλογίζονται ολοκληρωμένα, να χρησιμοποιούν συνθετική και αναλυτική σκέψη, να ανιχνεύουν όψεις και ενδεχόμενες αντινομίες στο περιβάλλον και στον κοινωνικό τους χώρο, να διατυπώνουν με σαφήνεια και πληρότητα εκτιμήσεις και θέσεις τους, να ανταποκρίνονται με επάρκεια σε πιθανά ζητήματα που κατά καιρούς ανακύπτουν στο χώρο και στο χρόνο. Η αξιολόγηση του εγγραμματισμού των μαθητών από πλευράς PISA οργανώνεται δε με τέτοιο τρόπο, ώστε να εξετάζονται όχι μόνον οι γνώσεις, οι δεξιότητες και οι στάσεις που έχουν αποκτήσει ή διαμορφώσει όλο αυτό το διάστημα της σχολικής τους ζωής, αλλά και να ανιχνεύονται μια σειρά από παράγοντες από το οικογενειακό και κοινωνικό περιβάλλον τους, οι οποίοι επηρεάζουν -πιθανώς- την ανάπτυξη αυτών των γνώσεων και των δεξιοτήτων των μαθητών τόσο στο σχολείο όσο και στον ευρύτερο κοινωνικό τους χώρο.