Η Διοικητική Υπηρεσία μεριμνά για όλα τα θέματα Διοικητικής και Οικονομικής φύσεως και είναι υπεύθυνη για την εύρυθμη λειτουργία του ΙΕΠ. Απαρτίζεται από την Υποδιεύθυνση της Οικονομικής Υπηρεσίας, στην οποία υπάγονται το Τμήμα Οικονομικής Υποστήριξης και το Τμήμα Προμηθειών και Συμβάσεων και από τα Τμήματα  Προσωπικού και Γραμματειακής Υποστήριξης και Διοικητικής μέριμνας και Τεχνικής Υποστήριξης.