Η Υποδιεύθυνση Οικονομικής Υπηρεσίας μεριμνά για την κατάρτιση και εκτέλεση του προϋπολογισμού (από την επιχορήγηση του Τακτικού και από το ΠΔΕ) και για όλα εν γένει τα θέματα οικονομικής φύσεως του ΙΕΠ. Στις αρμοδιότητές της περιλαμβάνονται και οι πάσης φύσεως προμήθειες, διαγωνιστικές διαδικασίες και συμβάσεις (περιλαμβανομένων και εκείνων που γίνονται στο πλαίσιο έργων) καθώς και η  καταγραφή και παρακολούθηση των δαπανών συγχρηματοδοτούμενων και ευρωπαϊκών έργων  που υλοποιεί το ΙΕΠ.