Το Τμήμα Α΄: Εκπαιδευτικής Καινοτομίας και Ενταξιακής Εκπαίδευσης περιλαμβάνει τις παρακάτω Μονάδες:

Το Τμήμα Α΄ Εκπαιδευτικής Καινοτομίας και Ενταξιακής Εκπαίδευσης έχει αρμοδιότητα κάθε θέμα που σχετίζεται με την εκπαιδευτική καινοτομία, την ενταξιακή εκπαίδευση και ιδιαίτερα ζητήματα ειδικής αγωγής, μειονοτικής, διαπολιτισμικής και ομογενειακής εκπαίδευσης και εκπαιδευτικές δομές σε καταστήματα κράτησης και τη διαφοροποιημένη διδασκαλία

Το Τμήμα Β΄: Προγραμμάτων Σπουδών και Εκπαιδευτικού Υλικού περιλαμβάνει τις παρακάτω Μονάδες:

Το Τμήμα Β ́ (Προγραμμάτων Σπουδών και Εκπαιδευτικού Υλικού) της Επιστημονικής Υπηρεσίας του ΙΕΠ έχει ως αντικείμενο την επεξεργασία γνωμοδοτήσεων και εισηγήσεων, στο πλαίσιο των κείμενων διατάξεων, για την κατάρτιση και αναμόρφωση των προγραμμάτων σπουδών και του εκπαιδευτικού υλικού της πρωτοβάθμιας και δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης. Ειδικότερα εστιάζει σε θέματα που αφορούν: α) την πρωτοβάθμια και προσχολική εκπαίδευση, β) τις ανθρωπιστικές επιστήμες και τη φιλολογία, γ) τα μαθηματικά, τις φυσικές επιστήμες και την τεχνολογία, δ) τις κοινωνικές επιστήμες, ε) τις τέχνες και στ) την τεχνική και επαγγελματική εκπαίδευση.