Το Τμήμα Β ́ (Προγραμμάτων Σπουδών και Εκπαιδευτικού Υλικού) της Επιστημονικής Υπηρεσίας του ΙΕΠ έχει ως αντικείμενο την επεξεργασία γνωμοδοτήσεων και εισηγήσεων, στο πλαίσιο των κείμενων διατάξεων, για την κατάρτιση και αναμόρφωση των προγραμμάτων σπουδών και του εκπαιδευτικού υλικού της πρωτοβάθμιας και δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης. Ειδικότερα εστιάζει σε θέματα που αφορούν: α) την πρωτοβάθμια και προσχολική εκπαίδευση, β) τις ανθρωπιστικές επιστήμες και τη φιλολογία, γ) τα μαθηματικά, τις φυσικές επιστήμες και την τεχνολογία, δ) τις κοινωνικές επιστήμες, ε) τις τέχνες και στ) την τεχνική και επαγγελματική εκπαίδευση.

Στις αρμοδιότητες του Επιστημονικού Γραφείου εμπίπτει επίσης η μελέτη τεκμηρίων και στοιχείων κάθε είδους για τη λειτουργία του εκπαιδευτικού συστήματος αλλά και η γνωμοδότηση για την υλοποίηση συναφών με τις αρμοδιότητές του ερευνών και εκπαιδευτικών προγραμμάτων σε δομές της Πρωτοβάθμιας και Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης.

Από τον Δεκέμβριο του 2020, με απόφαση του Δ.Σ. του ΙΕΠ, το Τμήμα Β΄ του ΙΕΠ συγκροτείται από τις ακόλουθες Επιστημονικές Μονάδες:

• Επιστημονική Μονάδα Προσχολικής και Δημοτικής Εκπαίδευσης
• Επιστημονική Μονάδα Ανθρωπιστικών και Κοινωνικών Επιστημών
• Επιστημονική Μονάδα Επαγγελματικής Εκπαίδευσης και Μαθητείας
• Επιστημονική Μονάδα Φυσικών Επιστημών, Τεχνολογίας, Μαθηματικών και Τεχνών
• Επιστημονική Μονάδα Ξένων Γλωσσών

Ως επικεφαλής (Συντονιστές/Συντονίστριες) των Επιστημονικών Μονάδων τοποθετούνται Συντονιστές/Συντονίστριες που ορίζονται με απόφαση του Διοικητικού Συμβουλίου. Οι ανωτέρω Επιστημονικές Μονάδες ασκούν αρμοδιότητες που αφορούν τα γνωστικά τους αντικείμενα και υποστηρίζουν, η κάθε Μονάδα στο αντικείμενό της, τους σκοπούς και τους στόχους του Ι.Ε.Π. και το Διοικητικό του Συμβούλιο.