Η Διεξαγωγή εξετάσεων διαγνωστικού χαρακτήρα για τους/τις μαθητές/-τριες της ΣΤ’ Τάξης των Δημοτικών Σχολείων και της Γ’ Τάξης των Γυμνασίων έχει ως στόχο την έγκυρη και αξιόπιστη διάγνωση γνώσεων και δεξιοτήτων των μαθητών/-τριών σε θέματα Γλώσσας - Κατανόησης Κειμένου και Μαθηματικών, σύμφωνα με τα προσδοκώμενα μαθησιακά αποτελέσματα, όπως αυτά αναφέρονται ή περιγράφονται στα σχετικά Προγράμματα Σπουδών. Απώτερος στόχος είναι η διαμόρφωση εισηγήσεων για τη βελτίωση της εκπαιδευτικής πολιτικής στην Πρωτοβάθμια και Δευτεροβάθμια Εκπαίδευση.
Κατά τα σχολικά έτη 2021-22 και 2022-23, οι εθνικές διαγνωστικές εξετάσεις υλοποιούνται σε αντιπροσωπευτικό δείγμα μαθητών/-τριών, το οποίο ορίζεται σε έως 6.000 μαθητές/-τριες για τη Στ' Δημοτικού και έως 6.000 μαθητές/-τριες για τη Γ' Γυμνασίου. Οι συμμετέχουσες σχολικές μονάδες (έως και 600 στον αριθμό) επιλέγονται βάσει στρωματοποιημένης δειγματοληψίας.
Οι εθνικές εξετάσεις διενεργούνται ταυτόχρονα στις επιλεγείσες σχολικές μονάδες σε ημέρα και ώρα που ορίζεται με Απόφαση του ΥΠΑΙΘ. Την ημέρα της εξέτασης, η Επιστημονική Επιτροπή διενεργεί ηλεκτρονική κλήρωση για την επιλογή των θεμάτων. Τα θέματα αποστέλλονται ηλεκτρονικά και, με ευθύνη του/της Διευθυντή/-τριας της σχολικής μονάδας, εκτυπώνονται και διανέμονται σε έντυπη μορφή στους/στις μαθητές/-τριες. Οι απαντήσεις των μαθητών/-τριών σημειώνονται ανώνυμα σε ειδικά διαμορφωμένα έντυπα (απαντητικά δελτία), τα οποία αποστέλλονται νωρίτερα στα σχολεία. Τα έντυπα των απαντήσεων των σχολικών μονάδων συγκεντρώνονται και αποστέλλονται άμεσα στο ΙΕΠ, προκειμένου οι απαντήσεις να καταχωριστούν, μετά από σάρωση των απαντητικών δελτίων, σε ειδικά διαμορφωμένη βάση δεδομένων και να γίνει η στατιστική επεξεργασία τους. Η Επιστημονική Επιτροπή προβαίνει σε ανάλυση και ερμηνεία των αποτελεσμάτων και ενημερώνει το ΙΕΠ και την ΑΔΙΠΠΔΕ προκειμένου να συνταχθούν σχετικές προτάσεις προς το ΥΠΑΙΘ.